أنشئت وحدة الصناديق المالية عام 1991 وتضم :صندوق الإستثمار للجامعة الأردنية الذي أُنشيء عام 1979 بموجب نظام صندوق الإستثمار للجامعة الأردنية رقم (47) وصندوق الإدخار لموظفي الجامعة الأردنية الذي أنشيء عام 1963 وبموجب نظام المكافأت والتعويض لأعضاء هيئة التدريس بالجامعة وتعديلاته وتتولى إدارته لجنة مؤلفة من خمسة أعضاء يرأسها رئيس الجامعة