تخضع وحدة الرقابة والتدقيق الداخلي في الجامعة الاردنية والتي تم إنشاءها بموجب الفقرة ج من المادة رقم 24 من قانون الجامعات الاردنية رقم 18 لسنة 2018 وتعديلاته لنظام الرقابة الداخلية وتعديلاته رقم 3 لسنة 2011، والتعليمات التنظيمية لوحدات الرقابة في الدوائر والوحدات الحكومية لسنة 2016، إضافة إلى تعليمات تنظيم أعمال وحدة الرقابة والتدقيق الداخلي في الجامعة الاردنية الصادرة بقرار مجلس أمناء الجامعة رقم رقم 197/2021 تاريخ 28/10/2021. ​