تضم الوحدة الدوائر والشعب التالية:
1.
دائرة الرواتب المركزية وتضم الشعب التالية:
- شعبة الرواتب: وتتولى مهمة إعداد وصرف وتدقيق رواتب العاملين في الجامعة وتوزيعها على البنوك وتدقيق وصرف العمل الإضافي إضافة إلى متابعة الأمور المالية للموفدين.
- شعبة نهاية الخدمة والتعويضات والتأمينات: وتتولى إدارة صندوق مكافأة نهاية الخدمة للعاملين في الجامعة وصرف مستحقاتهم عند انتهاء خدماتهم ومتابعة جميع الأمور المالية المتعلقة بالتأمين على موجودات الجامعة والتأمين على حياة العاملين فيها. وكذلك تتولى الملف العام المتعلق بالضمان الاجتماعي والتأمين الصحي للطلبة والتأمين على حياة الطلبة.
2.
دائرة الحسابات وتضم الشعب التالية:
-
شعبة النفقات : صرف جميع المطالبات والالتزامات المستحقة على الجامعة بعد التأكد من استكمالها لاجراءات الصرف، ومتابعة تحصيل القروض التي تم صرفها للطلبة أثناء فترة الدراسة، وكذلك صرف أجور تشغيل الطلبة ورديات أبناء العاملين.
-
شعبة نفقات البحث العلمي: صرف مطالبات نفقات البحث العلمي لاعضاء الهيئة التدريسية والطلبة وصرف المكافآت لاعضاء الهيئة التدريسية للمجلات العلمية وتقييم الابحاث ونشرها.
-
شعبة التحصيل والذمم: تقوم بمتابعة وتحصيل إيرادات الجامعة المختلفة من رسوم جامعية وإيجارات وغيرها، والقيام بعمليات الرهن لدى دائرة الاراضي والمساحة فيما يتعلق بموفدي الجامعة ومسك حسابات الذمم ( حقوق الجامعة المالية )..
-
شعبة الايرادات والصندوق العام: وتتولى قبض ايرادات الجامعة من رسوم جامعية للطلبة وذمم مستحقة للجامعات على الجهات وقبض ايرادات الجامعة الاخرى.
3.
دائرة التخطيط والرقابة وتضم
الشعب التالية:
- شعبة الموازنة والدراسات: تتولى إعداد مشروع الموازنة والحسابات الختامية و متابعة تنفيذ الموازنة خلال السنة المالية، ومراقبة إنفاق الجامعة المتكرر والرأسمالي و إعداد البيانات الإحصائية والدراسات والتقارير المالية الخاصة بالموازنة.
-
شعبة التدقيق الداخلي: تتولى عمليات تدقيق المستندات المالية الصادرة عن كافة الشعب في الوحدة ومراقبة إيرادات الجامعة، والعطاءات الفرعية في الجامعة، والتدقيق على الصناديق المالية، وإجراء التدقيق الفجائي على حاملي الدفاتر الفرعية والتأكد من توريدهم للمبالغ المقبوضة لدى الصندوق العام، وتدقيق وجرد مبالغ الرسوم الجامعية.
-
شعبة البنوك والكفالات: تتولى مسك حسابات البنوك التي تتعامل معها الجامعة بكافة العملات و إعداد مذكرات تسويات البنك ومطابقة الحسابات البنكية مع الحسابات الدفترية و ومتابعة جميع الكفالات الخاصة بالعطاءات المركزية.
4.
دائرة الخدمات المالية المساندة وتضم الشعب التالية:
-
شعبة الخدمات الالكترونية: وتتولى متابعة الانظمة المالية واعداد التقارير من قواعد البيانات و تحديث محتوى صفحة وحدة الشؤون المالية على موقع الجامعة الالكتروني و تحديد متطلبات المستخدمين عند استحداث او تطوير الخدمات الالكترونية او الانظمة الداعمة للعمل.
- شعبة خدمات الجمهور والطلبة الدوليين: تتولى الإجابة على استفسارات المراجعين وطباعة الشيكات وتسليمها.
-
شعبة المرافق الخدمية الداعمة: تتولى إعداد حسابات المراكز والوحدات الإنتاجية على أساس الحسابات التجارية مثل مركز الاستشارات ومطاعم الجامعة والمطبعة ومحطة البحوث الزراعية ومحطة العلوم البحرية وغيرها، وإعداد التقارير والقوائم المالية الدورية لعمل تلك المراكز والوحدات الإنتاجية.
- شعبة مركز الدراسات الاستراتيجية: تتولى انجاز ومتابعة المعاملات المالية لمركز الدراسات الاستراتيجية.
-
شعبة الارشفة وضمان الجودة: تتولى ارشفة السندات القديمة ومتابعة أمور الجودة الخاصة بالوحدة.