جاء إنشاء وحدة الرقابة والتدقيق الداخلي في الجامعة الأردنية وفقاً للقوانين والأنظمة ذات العلاقة الصادرة عن وزارة التعليم العالي والبحث العلمي ووزارة المالية كون الجامعة الأردنية مؤسسة حكومية بموجب الفقرة (ج) من المادة رقم (24) من قانون الجامعات الاردنية رقم (18) لسنة (2018) وتعديلاته، وتخضع الوحدة لنظام الرقابة الداخلية وتعديلاته رقم (3) لسنة (2011)، والتعليمات التنظيمية لوحدات الرقابة في الدوائر والوحدات الحكومية لسنة (2016)، إضافة إلى تعليمات وحدة الرقابة والتدقيق الداخلي في الجامعة الأردنية الصادرة بقرار مجلس أمناء الجامعة رقم (197/2021) المتخذة في جلسته رقم (13/2021) تاريخ 28/10/2021.

حيث ترتبط الوحدة بمجلس الأمناء وهي مسؤولة أمامه مباشرة وتتولى مراقبة الأمور المالية والإدارية والفنية في الجامعة، وتلتزم بتقديم تقارير ربع سنوية ونصف سنوية وسنوية إلى المجلس تشتمل على نتائج أعمال الوحدة والمعلومات والبيانات والتوصيات ذات الصلة لأغراض التقويم والتصحيح والمساءلة، فتعتبر الوحدة أداة للتأكد من قيام الجهات التنظيمية المختلفة بتنفيذ المهام الموكلة لها والتأكد من إجراءات الرقابة الدا